福建证监局内设13个处（室），分别为办公室、党务工作办公室、纪检办公室、公司监管一处、公司监管二处、机构监管处、稽查处、法治处、综合业务监管处、期货监管处、债券监管处、信息调研处、私募基金监管处。各处（室）主要职责如下：
     办公室：负责机关综合行政事务、公文运转、机要保密、国家安全、财务管理、资产管理、督查督办、定点帮扶、劳资、后勤保障、维稳等工作；负责行政许可事项的接收、送达工作；负责与地方各级政府和有关部门的综合协调工作，协调人大代表建议与政协委员提案的办理工作；负责本局信息系统建设工作。
     党务工作办公室：承担党委落实全面从严治党主体责任相关工作；承担本局党的建设工作；负责党务工作、意识形态和监管文化建设等工作；负责党员和干部日常教育管理监督等工作；负责组织人事工作以及工青团妇工作。
     纪检办公室：承担纪委落实全面从严治党监督责任相关工作；负责纪律教育、政治监督、纪律监督、公权力运行监督检查、党员和干部日常监督、问题线索处置和案件查办、廉洁文化建设等工作；协助局党委开展全面从严治党和党风廉政建设。
      公司监管一处：负责辖区沪深交易所上市公司监管工作；牵头会计监管相关工作；负责对证券服务机构及其从业人员在辖区从事沪深交易所上市公司相关业务活动进行日常监管、现场检查。牵头指导福建省上市公司协会。   
     公司监管二处：负责辖区北交所上市公司和非上市公众公司的监管工作；负责对证券服务机构及其从业人员从事非上市公众公司和北交所上市公司相关业务活动进行日常监管、现场检查。
      机构监管处：负责辖区证券经营机构、投资咨询机构、公募基金分支机构、公募基金销售机构、信息技术服务机构的监管工作；负责牵头科技监管，落实行业科技建设、信息安全监管等事项，协调推进科技监管系统运用；牵头协调做好对外开放、金融创新等相关政策落地及政府函件答复工作。牵头指导福建省证券期货业协会。   
     稽查处：负责自立案件及亚博足彩app下载交办案件的立案、报备、调查、复核、总结、宣传等工作；办理亚博足彩app下载系统内外相关单位案件协查及涉外执法协作工作；牵头承担辖区证券期货行业反洗钱相关协调工作；配合做好公安、司法、纪检等部门商请协查事项。   
      法治处：负责审理处罚工作；负责对律师事务所在辖区从事证券法律业务进行监管；牵头做好涉及本局的行政诉讼、民事诉讼、行政复议工作；牵头做好辖区证券期货普法宣传、辖区市场诚信建设工作；归口管理司法机关来访接待、证券期货事项性质认定。牵头组织、协调辖区投资者保护和教育工作，归口管理和协调处理辖区证券期货信访事项等。   
      综合业务监管处：负责推进辖区沪深交易所和北交所拟上市公司的辅导监管、现场检查、信访事项处理、风险防范和协调处置等工作；对口联系地方政府和有关部门推进辖区企业上市资源培育工作。   
      期货监管处：负责辖区期货经营机构的日常监管、现场检查、信访事项处理、信息安全监管、行业科技建设、风险处置等工作。   
      债券监管处：负责辖区公司债券发行人、企业债券发行人、资产支持证券发行人、公募REITs项目发行人的日常监管、现场检查、风险的防范及协调处置、信访事项处理工作；负责对证券服务机构及其从业人员在辖区从事债券发行相关业务活动进行日常监管、现场检查；联系和指导地方政府与企业推进公司债券、企业债券发行和推动资产证券化、公募REITs项目申报落地。   
      信息调研处：牵头信息工作、对外新闻宣传、舆论引导等工作；牵头起草全局综合性文稿，牵头协调金融服务实体经济相关政策落地及政府文件办理回复工作；负责辖区市场发展研究等工作；牵头政务亚博足彩app下载管理工作；负责辖区资本市场数据统计工作；负责信息系统运维管理。   
      私募基金监管处：负责辖区私募基金的日常监管、现场检查、信访事项处理、风险处置；负责辖区打击非法证券期货活动相关工作；负责区域性股权市场的协调监管工作；协助配合地方政府清理整顿各类交易场所相关工作。